ИНСТРУКЦИЯ

          ГЛАВНАЯ СТРАНИЦА            НАЧАТЬ РАБОТУ С БАЗОЙ ДАННЫХ


1. Введение данных.

При разработке базы данных использовалась общепринятая нумерация нуклеотидных позиций последовательности молекулы мтДНК согласно rCRS (кембриджская референтная последовательность, англ. cambridge reference sequence) [Anderson, S. [et al.] Sequence and organization of the human mitochondrial genome / S. Anderson [et al.] // Nature. – 1981. – Vol.290, №9. – P. 457–465.; Andrews, R.M. [et al.] Reanalysis and revision of the Cambridge reference sequence for human mitochondrial DNA. / R.M. Andrews [et al.] // Nature genetics. – 1999. – Vol. 23, № 2. – P. 147.]. ГВС1 ограничен позициями 16024-16391, ГВС2 – позициями 072-340.

При расчете частот встречаемости митотипов не учитываются вставки (инсерции) нуклеотидов в поли-С богатых областях (poly-C stretches), лежащих в диапазонах 16183-16193 и 309-315.


1.1  В первой группе текстовых полей заложена информация по полиморфизму ГВС1. Для поиска необходимого митотипа требуется ввести номера интересующих Вас нуклеотидных позиций для ГВС1 (согласно rCRS). Обратите внимание, что вводить следует только последние 3 цифры.


ПРИМЕР:  если Вас интересует позиция 16051, введите 051; если интересует позиция 16193, введите 193.

Далее для каждой полиморфной позиции выберите из выпадающего списка тип нуклеотидной замены.

В базе данных различные типы нуклеотидных замен обозначены следующим образом:

- замена нуклеотида: А  – замена основания на аденин; G – замена основания на гуанин; С – замена основания на цитозин; T – замена основания на тимин;

- del – делеция нуклеотида.


1.2 Во второй группе текстовых полей заложена информация по полиморфизму ГВС2. Для поиска необходимого митотипа требуется ввести номера интересующих Вас нуклеотидных позиций для ГВС2 (согласно rCRS). Обратите внимание, что вводить следует только последние 3 цифры.

ПРИМЕР:  если Вас интересует позиция 073, введите 073; если интересует позиция 199, введите 199.

Далее для каждой полиморфной позиции выберите из выпадающего списка тип нуклеотидной замены.

Типы полиморфизма аналогичны таковым для ГВС1.



2. Решение экспертных задач

Для решения задач по идентификации биологических следов и по установлению биологического родства расчет частоты встречаемости митотипа проводится одинаково.


2.1 Для поиска митотипа только по ГВС1 сделайте отметку в поле «HVR I», для поиска только по ГВС2 – сделайте отметку в поле «HVR II». Для поиска митотипа по полиморфным позициям всего контрольного региона (ГВС1+ГВС2) необходимо отметить оба поля.


3. Расчёт 

Проведите расчет путём нажатия кнопки "ВВОД". В случае ошибки при вводе данных (или при необходимости ввода новых данных) можно сбросить все введенные данные путем нажатия кнопки "СБРОС".


4. Результаты расчетов.

После завершения расчетов программа выдает значение частоты встречаемости искомого митотипа в настоящей базе, значение случайного совпадения и достоверность экспертного вывода для случая совпадения генетических характеристик мтДНК.

Выводимые значения просчитываются программой заново для каждой вновь вводимой конфигурации полиморфных позиций.