ИНСТРУКЦИЯ


1. ОБЩАЯ ЧАСТЬ


Страница базы «Частоты гаплотипов» предназначена для определения частот встречаемости гаплотипов STR-локусов X-хромосомы на основе массива данных мужских образцов (n= 364, хромосом 364).

Поскольку у мужчин имеется только одна X-хромосома, на основе массива генотипов мужских образцов можно провести расчет частоты встречаемости каждого отдельного гаплотипа. Альтернативно, наличие у женщин двух X-хромосом и, соответственно, выявление в каждом локусе по 2 аллеля, делает невозможным определение конкретных гаплотипов, поскольку даже в рамках двухлокусного гаплотипа для каждого сочетания аллелей теоретически возможно существование 4-х вариантов гаплотипов (2 аллеля локуса 1 х 2 аллеля локуса 2 = 4 варианта гаплотипа), при том что на самом деле физически существуют только 2 варианта (по одному на каждой хромосоме).

Страница «Частоты гаплотипов» позволяет решать следующие экспертные задачи:

- установление отцовства в отношении ребенка женского пола;

- установление материнства в отношении ребенка мужского пола;

- установление родства по отцу для двух сестер, имеющих общую мать (при наличии образца матери);

- идентификация личности мужского пола.


Группы сцепления

Референтная база данных позволяет анализировать четыре группы сцепления в трех разных форматах.

Из 19 локусов, имеющихся в базе данных, 15 формируют 4 группы сцепления. Локусы DXS9895, DXS7424, DXS7133, GATA172D05, включенные в базу, согласно последним литературным данным наследуются независимо (интернет-ресурс http://www.chrx-str.org).

Классификация локусов по группам сцепления в формате тест-систем Mentype Argus X-8, Qiagen Argus X-12 и в формате нашей базы данных приведена в таблице 1.


Таблица 1. Форматы групп сцепления (ГС).
Система генотипирования Группа сцепления I Группа сцепления II Группа сцепления III Группа сцепления IV
MentypeR Argus X-8 DXS10135
DXS8378
DXS7132
DXS10074
HPRTB
DXS10101
DXS10134
DXS7423
Investigator Argus X-12 DXS10135
DXS8378
DXS10148
DXS7132
DXS10074
DXS10079
HPRTB
DXS10101
DXS10103
DXS10134
DXS7423
DXS10146
Формат базы данных DXS10135
DXS8378
DXS10148
DXS7132
DXS10074
DXS10079
DXS10075
HPRTB
DXS10101
DXS10103
DXS10134
DXS7423
DXS10146
DXS8377
DXS10147

Для поиска необходимых гаплотипов значения аллелей локусов для каждой группы сцепления вводятся отдельно.

После ввода аллелей локусов из группы сцепления производится расчет по массиву и в соответствующем окне внизу появляется значение частоты встречаемости искомого гаплотипа.

Данную величину Вы можете использовать в любых математических формулах, предназначенных для оценки экспертного вывода, поскольку наследование гаплотипа соответствует логической формуле «один гаплотип – один локус» (независимо от числа сцепленных локусов в конкретном гаплотипе). Особенности расчетов достоверности вывода по полиморфным маркерам Х-хромосомы человека описаны в работах: Tilmar AO (Forensic Sci Int Genet 2010, issue 5), Ефремов И.А., Кожемяко В.Б. (Сибирский медицинский журнал, 2011, №7), Pinto N et al (FSI, 2011, issue 5), Pinto N et al (FSI, 2012, issue 6).

Считается, что каждая такая группа наследуется независимо от других, и значения вероятностей случайного совпадения гаплотипов для каждой группы сцепления могут быть перемножены между собой при расчете достоверности экспертного вывода.

Расчет вероятности случайного совпадения искомого генотипа можно провести по совокупности значений, полученных для гаплотипов четырех групп сцепления (окна «Результат ГС I-IV» внизу) и четырех независимо наследуемых локусов DXS9895, DXS7424, DXS7133, GATA172D05 (окна с соответствующими названиями локусов). Расчет можно проводить с тем количеством значений частот (количеством заполненных окон 1-8), которое у Вас имеется. Результирующая вероятность случайного совпадения появится на экране после нажатия кнопки «Расчет».

Для всех STR-локусов Х-хромосомы у мужчин (в норме) характерно гемизиготное состояние аллелей: в каждом локусе имеется только 1 аллель. Последнее означает, что популяционная частота гемизиготного по аллелю A мужчины равна собственно популяционной частоте данного аллеля p(А). Для сравнения: популяционная частота гомозиготной по аллелю а женщины равна p(a)2, а гетерозиготной – 2p(a)p(b). Таким образом, вероятность случайного совпадения для генотипа мужчины будет равна произведению частот гаплотипов групп сцепления или аллелей независимых локусов:

P = pГС I • pГС II • pГС III • pГС IV • pGATA172D05 • pDXS7133 • pDXS7424 • pDXS9895 ,

где р ГС (DXS…) – частота встречаемости гаплотипа, определенная Вами с помощью данной базы, либо частота аллеля.

Следует заметить, что поскольку внутри каждой группы все маркеры сцеплены между собой, частоты аллелей маркеров внутри группы сцепления при расчете достоверности экспертного вывода перемножать нельзя (Ефремов И.А. 2011). Если анализ по группам сцепления по какой-либо причине невозможен, то при расчете совокупной вероятности случайного совпадения выявленного комплекса признаков нужно использовать значение только для одного маркера из каждой группы сцепления с наименьшим значением частоты встречаемости (поскольку случайное совпадение редкого аллеля – событие менее вероятное) (Ефремов И.А. 2011).

Данные по частотам аллелей для массивов женских образцов, мужских образцов, а также для суммарного массива образцов приведены в справочно-методических рекомендациях «Частоты встречаемости аллелей и гаплотипов групп сцепления STR-локусов Х-хромосомы у населения Беларуси» на бумажном носителе, предназначенном для внутреннего пользования.

2. РАБОТА С БАЗОЙ ДАННЫХ


Введение данных.

Используйте текстовые поля для введения вашего X-STR профиля. Для всех локусов использована общепринятая нумерация аллелей по числу тандемных повторов. Значения дробных аллелей вводятся через точку: например, 16.2.

Для расчета частоты встречаемости конкретного гаплотипа группы сцепления введите имеющиеся у Вас значения аллелей для отдельных локусов из группы сцепления (см. таблица 1). Если Вы работаете в формате тест-системы Argus X-8, в вашем распоряжении будет по 2 локуса на каждую группу сцепления. Если Вы используете формат Argus X-12, Вы будете иметь по 3 локуса на каждую группу сцепления. В нашей базе данных в группы сцепления входят 15 локусов: группа сцепления I – 3 локуса, группа II – 4 локуса, группа III – 3 локуса, группа IV – 5 локусов.


1. Особенности ввода данных при расчетах параметров групп сцепления и независимых локусов

Внимание! Перед вводом данных внимательно изучите информацию, приведенную ниже, выберите ваш тип экспертной ситуации, введите данные соответствующим образом.


2. Расчет достоверности экспертного вывода

При расчете результирующей достоверности экспертного вывода каждая группа сцепления рассматривается как один локус (независимо от числа локусов, входящих в группу сцепления).

После того как Вы получите значение частот гаплотипов необходимых групп сцеплений и/или аллелей независимо наследуемых локусов (значения частот встречаемости находятся в соответствующих окнах внизу страницы), нажмите кнопку «Расчет». Кнопка «Расчет» появляется только после заполнения не менее двух окон с частотами гаплотипов (аллелей независимых локусов).

При этом на экране появится таблица с результирующей вероятностью случайного совпадения совокупности выявленного комплекса признаков.

Для полного удаления информации нажмите кнопку «Сброс результатов»


2.1 Расчет частоты встречаемости гаплотипов, отсутствующих в базе данных.


В том случае, когда введенный Вами гаплотип отсутствует в базе данных, мы рекомендуем использовать частоту встречаемости «отсутствующего гаплотипа группы сцепления», равную 0,00824.

Данное значение рассчитано по формуле, рекомендуемой Ballantyne J (Current Status and Future of Y-STR Analysis. AFDAA Workshop, June 2012):

1-(0.05)1/N или «правило 3-х» 3/N, где N – число образцов в выборке.

2.2 Расчет достоверности экспертного вывода при идентификации лица мужского пола.


При идентификации лица мужского пола последовательность действий при вводе данных соответствует схеме, описанной выше (пункт 1).


          ГЛАВНАЯ СТРАНИЦА            ЧАСТОТЫ ГАПЛОТИПОВ